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西奈山医学院开发出加速药物发现的数据库

首席医学网      2010年12月06日 16:29:05 Monday  
 
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【关键词】  西奈山医学院 药物发现的数据库

 美国西奈山医学院的研究人员开发出一种新的计算方法,将有助于简化和提高基因表达实验分析,并帮助科学家更好地了解病变细胞与正常细胞之间的差异。这种称为ChIP富集分析(ChIP enrichment analysis,ChEA)的新数据库和软件,将使药物靶点和生物标记物的发现产生革命性变化。

  在ChEA系统被开发出来之前,一直没有将ChIP-seq和ChIP-chip实验结果进行集成的中央数据库系统,ChIP-seq和ChIP-chip用于识别被称为转录因子的蛋白质如何调节人与小鼠的所有基因。这些实验数据数量巨大,计算生物学家一直在努力集成这些数据。在西奈山医学院药理学与系统治疗学助理教授阿维尔·马阿延博士带领下,一个研究小组将这些实验的数据进行集成,该数据库收集了超过100个与DNA结合调节基因表达的转录因子的数据。

  马阿延博士在几个个案研究中测试了ChEA系统。其中的一个个案研究对两项发现乳腺肿瘤是否为良性或恶性的标识基因集进行评判。这两项研究都列出了肿瘤类型生物标志物。一项研究中发现的生物标志物表单通常与另一项研究中发现的表单不匹配;而事实上,每一项研究中发现的生物标志物极少重合。然而,当马阿延博士将两份表单录入ChEA系统时,他确认两份表单中的基因有相同的调控蛋白,调控蛋白决定这些生物标志物基因的异常表达。

  ChEA系统网址为http://amp.pharm.mssm.edu/lib/chea.jsp。该项研究结果发表于2010年9月15日出版的《生物信息学》杂志。

  (来源:The Mount Sinai Hospital / Mount Sinai School of Medicine姚立新编译)

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